改良品种是巴棉花单产逐年提高的关键。经过几十的努力，巴棉品种有了很大改观。过去的短粗绒品种已基本被高产、优质的中绒陆地棉所代替。巴中央棉花委员会是国家负责棉花研究管理的专业机构，承担国内棉花行业及棉花加工产品的研究和开发的任务，负责棉花生产、布局、市场进行调研和提出建议等。政府规定委员会经费按每包棉花提取33美分。委员会在棉花主产区木尔坦和萨克兰德各设一个直属棉花研究所，研究所下设7个分所，分所下又设分站，形成比较完善的棉花生产研究网络。棉花品种培育鉴定，由棉花委员会负责进行品种联合试验，连续2--3年，以筛选和鉴定适宜不同地区的品种。种子经营基本由中央棉花研究所或试验站负责，也允许一些受政府机构监督的公司经营种子。      

       目前，巴良种普及率占40%，推广良种以增加棉花产量的潜力还较大。